| Scandinaviawine OÜOsaühing | 12313514 | Tabasalu alevik, Harku vald, Harju maakondHarju maakond | 05.07.2013 | – |
| Scanwave OÜOsaühing | 14841499 | Lasnamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 25.08.2022 | 1,6m €2025 |
| SeCocktails OÜOsaühing | 17509386 | Kesklinna linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 18.05.2026 | – |
| Seente Maailm OÜOsaühing | 17223017 | Kohatu küla, Märjamaa vald, Rapla maakondRapla maakond | 30.06.2025 | – |
| Selbiz OÜOsaühing | 17417425 | Pringi küla, Viimsi vald, Harju maakondHarju maakond | 29.01.2026 | – |
| Selver ASAktsiaselts | 10379733 | Nõmme linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 02.01.2014 | 622,0m €2025 |
| Serverette OÜOsaühing | 10577976 | Kesklinna linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 21.04.2010 | 1,4m €2025 |
| Seto Siider OÜOsaühing | 16923327 | Vasla küla, Setomaa vald, Võru maakondVõru maakond | 14.11.2024 | 2k €2025 |
| SIBERIAN VODKA OÜOsaühing | 12771487 | Mustamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 10.01.2015 | 0 €2025 |
| Sihtasutus Aidu VeespordikeskusSihtasutus | 90010388 | Aidu küla, Lüganuse vald, Ida-Viru maakondIda-Viru maakond | 01.07.2025 | – |
| SiidriMaja OÜOsaühing | 12845412 | Mustamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 07.06.2016 | 9k €2024 |
| Siidrimõisa OÜOsaühing | 12143354 | Loosi küla, Võru vald, Võru maakondVõru maakond | 10.10.2016 | 34k €2023 |
| SilberSiver OÜOsaühing | 16068276 | Lasnamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 25.11.2021 | 1,1m €2025 |
| Silden OÜOsaühing | 14014282 | Ülenurme alevik, Kambja vald, Tartu maakondTartu maakond | 08.07.2016 | 1 €2019 |
| Simomrumon OÜOsaühing | 12293935 | Kesklinna linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 26.08.2020 | 209k €2021 |
| Sintax Business OÜOsaühing | 16624793 | Lasnamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 20.12.2022 | 60k €2024 |
| siroxico OÜOsaühing | 16014091 | Lasnamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 09.04.2021 | – |
| Sivex International OÜOsaühing | 10208011 | Pärnu linn, Pärnu linn, Pärnu maakondPärnu maakond | 21.07.2005 | 98k €2025 |
| SJD Profit OÜOsaühing | 12830669 | Tartu linn, Tartu linn, Tartu maakondTartu maakond | 27.07.2015 | 200k €2025 |
| Skante Trade OüOsaühing | 11535046 | Urge küla, Kohila vald, Rapla maakondRapla maakond | 14.07.2014 | 0 €2025 |
| Skeletor OÜOsaühing | 12912551 | Põhja-Tallinna linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 22.10.2020 | 263k €2025 |
| Skynda OÜOsaühing | 12622853 | Tartu linn, Tartu linn, Tartu maakondTartu maakond | 22.05.2017 | 30k €2025 |
| Slogger OÜOsaühing | 16333413 | Lasnamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 16.10.2025 | 211k €2024 |
| SMART ABW OÜOsaühing | 12536757 | Sillamäe linn, Ida-Viru maakondIda-Viru maakond | 21.10.2013 | 0 €2025 |
| SMART LOGISTICS OÜOsaühing | 14665200 | Kesklinna linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 01.03.2019 | 0 €2025 |
| Smile-Proff OÜOsaühing | 16327915 | Pirita linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 30.09.2021 | 7k €2024 |
| SNCO OÜOsaühing | 14376157 | Keila linn, Harju maakondHarju maakond | 04.07.2019 | 29k €2025 |
| Snow Investments OÜOsaühing | 12386826 | Kesklinna linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 18.08.2014 | 3k €2024 |
| Snusfellas OÜOsaühing | 17293555 | Pirita linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 10.01.2026 | – |
| Snusflix OÜOsaühing | 17174106 | Lasnamäe linnaosa, Tallinn, Harju maakondHarju maakond | 21.02.2025 | – |